Une série de morts mystérieuses secoue la région du Jura francophone à l'automne 1977 : l'aspirant-officier Ruedi Flükiger, porté disparu, est retrouvé mort, déchiqueté par une grenade à main. Presque au même moment, le corps du président de l'employeur allemand Schleyer, pris en otage par la "Fraction Armée Rouge" (RAF), est retrouvé à Mulhouse. Peu après, une fusillade éclate au poste frontière de Fahy, au cours de laquelle deux membres de la RAF sont arrêtés. Puis le policier A. Rychen, chargé d'enquêter sur les décès, abat son collègue.
R. Heusler envoie une lettre de revendication dans le style de la RAF à ses propres autorités.
Tout cela juste avant la votation fédérale pour savoir si le Jura doit devenir un canton à part entière. C'est en effet l'objectif du président de la Confédération Kurt Furgler, qui veut enfin résoudre le conflit jurassien par cette votation populaire.
L'affaire Flükiger est immédiatement récupérée par la politique : les Bernois soupçonnent les Béliers, l'organisation de jeunesse militante des séparatistes, d'avoir enlevé Flükiger et de l'avoir tué. Ce que les séparatistes jurassiens démentent immédiatement comme étant une provocation bernoise. La presse spécule sur les liens avec le terrorisme allemand et fait ainsi le jeu de Furgler, qui veut créer une nouvelle police fédérale de sécurité pour lutter contre le terrorisme.
L'enquête sur la mort de Flükiger reste en suspens. L'armée et les autorités en arrivent bientôt à la conclusion qu'il s'est suicidé.
Dans ce documentaire, le réalisateur suit avec curiosité, esprit critique et ouverture d'esprit, les traces de ces décès encore inexpliqués aujourd'hui.
Il rencontre la famille Flükiger, fouille les dossiers des archives fédérales et tente de faire la lumière sur cette affaire. Tout en sachant qu'il ne pourra pas non plus résoudre l'énigme.
Son objectif est de faire découvrir à un public intéressé l'un des chapitres les plus sombres mais aussi les plus passionnants de notre histoire contemporaine récente.